Cyfres o ryfeloedd rhwng y Protestaniaid a'r Pabyddion yn Nheyrnas Ffrainc yn ail hanner yr 16g oedd Rhyfeloedd Crefydd Ffrainc (1562–98). Cafodd sawl tywysogaeth gyfagos ei thynnu i mewn i'r ffrae, gan gynnwys Navarra a Bwrgwyn, ac ymhelaethodd y gwrthdaro i wledydd eraill ar adegau. Roedd yn rhan o Ryfeloedd Crefydd Ewrop yn sgil y Diwygiad Protestannaidd. Bu farw tua 3 miliwn o bobl o ganlyniad i frwydro, newyn, ac afiechyd, ac felly hwn yw'r rhyfel crefyddol a chanddo'r nifer fwyaf o laddedigion yn Ewrop ac eithrio'r Rhyfel Deng Mlynedd ar Hugain.[1] Ymgasglodd naill ochr y brwydro o amgylch teuluoedd pendefigaidd Ffrainc: y Protestaniaid dan arweiniad y Condé (Tŷ Bourbon), a'r Pabyddion dan arweiniad y Guise (Tŷ Lorraine). Cefnogwyd y Protestaniaid gan Loegr a'r Alban, a chefnogwyd y Pabyddion gan deyrnas Habsbwrgaidd Sbaen a Dugiaeth Safwy. Yn y canol oedd y politiques: brenhinoedd Ffrainc a'u cynghorwyr.
Wrth i Galfiniaeth ymledu ar draws Ffrainc, penderfynodd y Frenhines Catrin de Medici i oddef yr Hiwgenotiaid. Dechreuodd yr ymladd ym 1562 yn sgil llosgi eglwys llawn Hiwgenotiaid yn Vassy gan y Guise. Wedi cyfres o derfysgoedd ac ysgarmesau, cafwyd cytundebau ym 1563, 1568 a 1570 i geisio cadw'r heddwch. Ail-daniodd y rhyfel yn sgil Cyflafan Bartlemi ar ŵyl y sant hwnnw ym 1572: bu farw miloedd o Brotestaniaid, gan gynnwys yr arweinydd Gaspard II de Coligny. Cytunwyd ar gyfaddawd ym 1576 a chafodd yr Hiwgenotiaid ganiatâd i addoli yn ôl eu ffydd. Bu rhywfaint o heddwch nes cychwyn Rhyfel y Tri Henri ym 1584, pan ddaeth y Protestant Henri, Brenin Navarra yn etifedd i goron Ffrainc. Trodd Henri'n Babydd ym 1593 a chafodd ei goroni'n Brenin Ffrainc y flwyddyn ddiweddarach. Cafwyd rhyfel rhwng Ffrainc a Sbaen yn y cyfnod 1595–8. Daeth y gwrthdaro i ben yn sgil Gorchymyn Nantes ym 1598, a rhoddwyd hawliau i'r Protestaniaid yn Ffrainc.